『とある魔術の禁書目録 エンデュミオンの奇蹟』

学園都市製エレベーター『エンデュミオン』。

その完成を目前に控えたある日、上条とインデックスは無能力者(レベル0）の少女・鳴護アリサと出会う。路上ライブで素晴らしい歌声を披露していた彼女と意気投合し、放課後を楽しんでいたところ、アリサにオーティション合格の知らせが舞い込む。エンデュミオン開通キャンペーンのイメージソングに、彼女の曲が大抜擢されたのだ。そんな幸せもつかの間、魔術師を引き連れたステイルが突如襲いかかってくる。ターゲットは、アリサ。なぜ科学サイドの人間である彼女が魔術サイドに狙われるのか? 魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ率いる秩序維持部隊『黒鴉部隊(くろからすぶたい)』を展開する。

上条とインデックス、そしてアリサを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルは、こう言った。

「そこの彼女は、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねない」と――。

科学と魔術が交差するとき、「エンデュミオン」を舞台に物語がはじまる――!