『こちら葛飾区亀有公園前派出所 THE MOVIE2 UFO襲来! トルネード大作戦!!』

平和な町・亀有に突然ふってわいたUFO目撃騒動、突如現れたミステリーサークルも手伝って、亀有はさながらUFOの一大観光名所！？

そんな中、おなじみの派出所メンバー一行はトラブル・メーカー両津に留守番を言いつけ、慰安旅行でハワイへ…しかし、ハワイでもトラブルを巻き起こした両津は地元警察から指名手配される身に、必死に逃亡する両津を救ったのは、セスナを華麗なテクニックで操縦する謎の美少女ミーナだった。

間一髪で窮地を脱した両津は、小学生時代の親友・竜平と再会するため一路ハワイ島のヒロへ。

しかし、そこで両津は、竜平が愛娘を残し、既に謎の死をとげたという衝撃の事実を知る。

そして、その娘こそがミーナだったのだ…にわかには信じられない話に、両津はミーナとともに竜平の死の謎を探るべく、無謀にもゼロ戦で日本へと向かう。

しかし、二人がたどり着いた東京は、謎の超巨大UFOより発せられた強大な竜巻＜トルネード＞によって破壊されていたのだ！

そして、その攻撃の矛先は愛すべき下町・亀有にも向けられようとしていた！

はたしてUFOの正体は？

竜平の死の謎とは？

いま下町の、いや、人類の運命は、両津とミーナの手にゆだねられてしまった…