『ぱんきす!2次元』

"音の精霊"達の学び舎、"聖ミューズ学院"。

人間達が心地よい音の中で生きていけるよう、世界の音を調律し、制御する役割を担う"音の精霊"を育成するための学院である。

そんな学院に５人の落ちこぼれがいた。

みるに見かねた学院は５人に、ある特別なミッションを与えるのだった…。