『SUBMARINE SUPER 99』

西暦20XX年、日本海溝付近で原因不明の海難事故が立て続けに発生した。

政府から極秘の依頼を受けた沖海洋研究所の所長・沖重造と副所長の沖五郎は、深海探査艇で調査を開始するが、謎の潜水艦に襲撃され、行方不明になってしまう。

重造の孫であり、五郎の弟でもある沖進は、二人からライフル“SS-99”と地下工場の鍵を渡されていた。

研究所に侵入した工作員たちに捕らえられ、地下工場に連れて行かれた進は、そこでこれまで見たこともない超巨大潜水艦を目にする。

工作員たちの正体は謎の組織海洋帝国。

進はこの超巨大潜水艦「スーパー99」と共にヘル・デスバード率いる海洋帝国との戦いへと臨んで行く。