『Dr.STONE SCIENCE FUTURE』

第1話 RYUSUI VS. SENKU

宝島での激戦を終え、科学王国へと帰還した千空たち。手に入れた石化装置で司が復活、科学王国の仲間となった！そして、千空たちは石化の元凶・ホワイマンの発信源である“月”を目指し、「月面着陸計画」を始動。世界中から宇宙船の材料を集める為、ペルセウス号で大海原へと飛び出した。しかし、アメリカを目指す船旅の中で、航路を巡り千空と龍水の意見が対立！どちらを採用するか決めるため、まさかのポーカー対決が始まる！

第2話 SCIENCE JOURNEY

航路を巡る千空VS.龍水のポーカー対決は、捨て身のウルシ作戦で千空が勝利。ムズさ100億％の最短ルートでアメリカを目指す。過酷な船旅には娯楽が欲しい！という龍水の提案で、船上にカジノが誕生。フランソワがゲストに合わせたオリジナルカクテルを提供してくれる「バー・フランソワ」も開店し、船員たちを楽しませる。そんな中、松風は石化装置にまつわる忌まわしい記憶を思い出していた。

第3話 暗闇の誘蛾灯

40日におよぶ過酷な船旅を、科学の航海術と結束力で乗り切り、遂に新大陸アメリカへと到達したペルセウス号。千空たちは、かつての文明を失ったアメリカの現状に、必ず全人類を助け出すと、決意を新たにする。早速、サクラメント川を渡りながら、復活液の材料であるコーンを探す千空たち。夜になり、誘蛾灯を頼りに探索を進めていると、司が強い殺気に気付く……！

第4話 Dr.X

遂に、アメリカ大陸に足を踏み入れた科学王国一行。千空たちが闇夜の誘蛾灯でコーンのありかを探っていたところ、司が暗闇から強い殺気を察知！突如、何者かにマシンガンで襲撃される！司の超反応と龍水の機転で何とかかわした千空たちだが、アメリカに高い科学力を持つ復活者がいることが判明する。翌朝、再び現れた復活者は、更なる驚きの科学武器で千空たちに迫る……！

第5話 DOCTOR VS. DOCTOR

新大陸で高度な科学力を持つ復活者に襲われた千空たち。敵の本拠地を探る為、自らスパイとして敵城に乗り込んだゲンは、そこで、敵のリーダーである科学者・Dr.ゼノと対面し、尋問を受ける。無線から千空たちにコンタクトを取ってきたゼノは、ゲンの偽情報から大樹との対話を要求し、緊迫の交渉がスタートする！そして、千空たちは迫るゼノ軍との対決に備え、ペルセウス号のパワーアップを試みる！

第6話 SCIENCE IS ELEGANT

ゼノ軍に対抗すべく、ペルセウス号の「空母大改造計画」をスタートさせた千空たち。早速、船の突貫工事を進めつつ、敵のリーダー・ゼノの身柄を拘束する為の特殊部隊を結成、司たちが敵陣へと向かう。一方、ゼノからDr.大樹の暗殺を任された、総司令官・スタンリーは、ルーナをスパイとしてペルセウス号へと送り込む。そこで、ルーナがこぼした情報から、千空とゼノの驚きの関係が判明する！

第7話 二人の科学者

ルーナの言葉から、ゼノが科学の師匠に当たる男だと気付いた千空。千空が小学生の頃、世界中の科学施設に質問メールを送り、返答をくれたのがNASAの科学者・Dr.ゼノだった。科学を愛するゼノの言葉に、力を貰っていた科学少年の千空。ゼノもまた、若き科学者との交流を楽しんでいた。しかし、それから数年後、ゼノは科学の武力で独裁者になるという願望を語る様になっていく……。

第8話 LOCK ON

かつて、科学を通じて師弟関係にあったゼノと千空。二人は同じ頃に石化から目覚め、それぞれの場所で科学を発展させていた。復活後、科学武器を製造する為の城を築き、世界を導く独裁者になることを目論むゼノ。そして今、ゼノの指令により、凄腕スナイパーのスタンリーが、科学王国のリーダーの命を狙う！スパイであるルーナは、船内から標的を見つけ、スタンリーに合図を送ろうとするが……。

第9話 科学の灯

科学王国のリーダーが、かつて師弟関係にあった千空だと気付くゼノ。それでも、ゼノはスタンリーに千空の狙撃を指示。混乱に陥るペルセウス号の中で、千空はスタンリーに狙撃されてしまう！咄嗟の防御で一命は取り留めたものの、瀕死の重傷を負った千空。大樹はかつて医学生だったルーナに、千空の治療を頼み込む。その頃、ゼノ城を視察中のクロムたちは、ゼノ捕獲作戦へと動き出していた。

第10話 土まみれの道を

第11話 ルールを知る者 創る者

第12話 再会