『装甲巨神Zナイト』

遥かな未来、人類は環境汚染が深刻化した地球の自治組織｢ブルースターユニオン」と、テラフォーミングされた火星に移住した特権階級者たちの国家「キルナ」の2つに分かれていた。

だが西暦2997年、地球に飛来した彗星と巨大な太陽風の影響で地球の大気は浄化され復活、反対に火星は人工大気を破壊し尽くされ、死の星となってしまう。

この事実に直面したキルナのギスカール大統領は、ゼルダン将軍を最高司令官に置くキルナ宇宙軍を編成、地球侵略によって国民感情を逸らす手段に出た。

ゼルダンは、まず火星と地球の中継点である宇宙ステーション「アトランティス」を奪取、さらにブルースターの拠点を次々と攻略していく。

彼は、かつて人類によって生み出されながら、そのあまりの強力さから恐れられ、封印されたと言う六体の「装甲巨神」を手に入れようとしていた。

そして、シャローの神殿に封印された装甲巨神「マリンカイザー」を復活させる。

一方、キルナ軍のアトランティス襲撃から辛くも生き延びたブルースターのベル・ランス中尉は、ノーザナイツ最高司令官オーディンから、ノーザランド山中に封印された装甲巨神「Zナイト」のパイロットに任ぜられる。

Zナイトとマリンカイザーはブリードキングダムにおいて激突。

550年振りの装甲巨神同士の戦いは、セカンドであるランスの駆るZナイトが勝利、マリンカイザーは鹵獲されブルースターの戦力となった。

そしてゼルダンは、本国から送られて来た最新鋭バトルアーマー「ギルガ」に自ら搭乗、出撃して行く。

戦いはまだ、始まったばかりであった…。