『Yu-Gi-Oh! CARD GAME THE CHRONICLES』

強大な軍事帝国を中心とする列強。

その脅威に対抗するため、高度な軍事技術によって開発された兵器「閃刀」。

平和への願いを込められし一振りの刀は、一人の少女「レイ」に託され、戦場に投入された「閃刀姫－レイ」は瞬く間に戦況を一変させた。

しかし、その優勢も長くは続かなかった。

レイの前に突如として現れたのは、軍事帝国が作り上げたもう一人の閃刀姫、「ロゼ」。

戦場でたった二人の人間である両者の力は拮抗したが、幾度もの戦闘で刃を交える中、レイはロゼの心の奥底に隠された慟哭を感じ取る。

レイの想いを乗せた剣撃により、自らを兵器と定義していたロゼの心はさらに揺り動かされていくが、それを帝国は見逃さなかった。

閃刀姫の運用方針を戦闘兵器ではなく試作型閃術兵器「ジーク」の生体パーツに変更。

ロゼは再び心を封じられ、戦場へと姿を現す。

ロゼは今も戦いたくないと叫んでいる。

それなら、自分は必ず彼女を助けてみせる。

レイは強い決意と共に閃刀を起動。

戦場へと舞い降りるのだった。

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閉ざされし大地。

古来より外界から隔絶されたその地では、時折"ホール"と呼ばれる深淵の門が出現する。

"ホール"は、ある時は災いの如く土地や人々を異次元に飲み込み、ある時は神の恩寵の如き恵みをもたらした。

その地に生きる者は限られた資源を守り、奪い合い、いつしか"種"と言う括りで団結していく。

乱立した国や組織によって、大地には血で血を洗う戦いの歴史が刻まれていくのだった―――。

そして現在、極北の地では２つの種による争いが続いていた。

教主「マクシムス」によってその身に聖痕を授かり、奇跡の力を行使する選ばれし民。

―――神に愛されし奇跡の国「教導国家ドラグマ」

教導騎士団の侵攻に抗い起ち上がった、聖痕を宿す事のない亜人種たち。

―――獣人の武装集団「鉄獣戦線（トライブリゲード）」

その日、ドラグマでは当代の聖女「エクレシア」の祝祭が執り行われていた。

"もっとも清らかなる聖女"の存在に喜び祈る国民の裏で、鉄獣戦線は捕虜奪還のためドラグマへの侵入作戦を決行する。

まるでその混沌を待ち望んでいたかの如く、深淵はゆっくりと"ホール"のあぎとを開くのだった。