『新サクラ大戦 the Animation』

太正三十年（1941年）。

帝都・東京は、平和な日々を取り戻していた―――『帝国華撃団・花組』は隊長神山誠十郎が欧州へ赴任し、天宮さくらが隊長代理に就任していた。

日々奮闘している花組の元に神山が一時帰国するが、その傍には見知らぬ少女がいた。

少女の名はクラーラ。

大きな事故に遭い壊滅した莫斯科（モスクワ）華撃団の唯一の生存者だという。

神山から託され、花組へと転属になったクラーラを迎え入れるさくら達。

そんな中、『莫斯科華撃団』を名乗る一団が突如帝都に現れる―――莫斯科から来たクラーラとは何者なのか？

そして、壊滅したはずの莫斯科華撃団の来日の目的とは？

帝国華撃団・花組の新たな戦いの幕が開く！