かつて世界の危機を救ってきた9人のサイボーグ戦士たちは、故郷へと帰りそれぞれの人生を送っていた。
しかし、2013年、各国で同時多発爆破のテロ事件が発生、ギルモア博士により再び集結する。
その頃、009こと島村ジョーは、その記憶をリセットされ東京で高校生として暮らしていたのであった。
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