『科学忍者隊ガッチャマン』
ある時は5つ、ある時は1つ、実態を見せずに忍び寄る白い影。
正義の影武者、科学忍者隊、その名をガッチャマン!
世界征服を企む悪の組織ギャラクターの野望を阻止するため、国際科学技術庁の南部博士によって組織された、少年少女による特殊部隊・科学忍者隊。
リーダーの大鷲の健、コンドルのジョー、白鳥のジュン、燕の甚平、みみずくの竜ら五人のメンバーは南部博士の指令を受け、飛行空母ゴッドフェニックスで発進。
科学の力を駆使してギャラクターに戦いを挑む。
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第105話 .地球消滅！0002
ギャラクター本部の入り口を捜索する科学忍者隊は、自力で脱出していた瀕死のジョーと再会。しかし、ブラックホール作戦を止めるため、苦渋の決断で彼をその場に残して本部へと突入する。ついにベルクカッツェを追い詰め、作戦の停止を迫る健。しかしそこへ、総裁Ｘが姿を現した。刻一刻と迫る、地球消滅へのカウントダウン。果たして地球の、そして科学忍者隊の運命は？
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第104話 .魔のブラックホール大作戦
単身ギャラクター本部へと乗り込んだジョーであったが、再び捕らわれの身となってしまった。科学忍者隊がジョーを捜索する中、ギャラクターの最終計画「ブラックホール作戦」が着々と進行していく。地球内部へと投下される爆弾によって、世界各地で引き起こされる大地震。忍者隊はジョーのブレスレットから発せられた信号を頼りに、ギャラクター本部であるヒマラヤとの境界、クロスカラコルムへと出撃する。
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第103話 .死を賭けたG-2号
ギャラクターに正体がバレてしまったことにより、変身前に襲撃されるジョー。捕らえられて鉄獣内部に連行され、カッツェに他のメンバーの正体も明かせと迫られる。痛めつけられながらもなんとか隙を突いて脱出するが、突如襲う頭痛に意識を失ってしまう。担ぎ込まれた病院で、南部博士に電話をする医師の声に目覚めるジョー。その内容から、彼は自分の命があとわずかであると知ってしまう。
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第102話 .逆転！チェックメイトＸ
無数の鉄獣が出現し国連軍と戦闘になるが、科学忍者隊には南部博士からの出動命令が入らない。独断で出撃する健であったが、ジョーとは連絡が付かず、アンダーソン長官によれば南部博士も行方不明であるという。実はその時、ジョーは誰にも知られないよう、モグリの医者の診察を受けていたのだった。そしてその一方で、外界との連絡を絶ち、カッツェの正体に迫ろうとしていた南部博士は、ギャラクターにさらわれてしまう。
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第101話 .狙撃集団ヘビーコブラ
ジョーの異変に気付いた健は本人に問いただそうとするが、秘密を知られたくないジョーと争い、殴り合いになってしまう。そんな中、ＩＳＯ本部に送られてくる極秘情報が、何者かに盗聴されるという事件が起こる。自らの不安を振り払うかのように任務へ向かおうとするジョーを止め、ジュンと二人で調査をするという健。不満を漏らしつつも、ジョーは自分のエアガンを健に渡すのだった。
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第100話 .20年後のガッチャマン
危険な方程式が記されたマイクロフィルムを、北極の海底へと沈める任務を命じられた健。方程式の考案者マキシム博士と共に輸送機で北極へと向かうが、ギャラクターの工作によって不時着し、氷原の裂け目に落ちてしまう。意識を失った健と博士が目覚めたのは、見たことも無い地底都市。なんとそこは２０年後の未来で、健たちが氷の底で眠っている間に、世界は既にギャラクターによって支配されてしまったのだと言う。
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第99話 .傷だらけのG-2号
カッツェの後を付け、ギャラクターの重要基地を発見した科学忍者隊。超バードミサイルで攻撃しようとするが、ジョーの不調により狙いを外してしまう。ゴッドフェニックスを降り、半壊した基地へと侵入する忍者隊であったが、総裁Ｘが張った罠によって捕われてしまった。科学忍法竜巻ファイターで脱出を試みるが、ここでもやはりジョーは原因不明のめまいに襲われて技に失敗してしまう。
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第98話 .球形鉄獣グレープボンバー
鉄獣の出現に科学忍者隊に出動命令が下った。しかし、集合場所へ向かう途中であったジョーは危うく老婦人を轢きそうになり、彼女を家まで送り届けることに。ジョーがいないために超バードミサイルも撃てず、ゴッドフェニックスは毒液入りの爆弾をバラ巻く鉄獣グレープボンバーに苦戦して退却。命令違反をしたジョーに、南部博士は次の作戦は一人で行うようにと命じる。だが、そんなジョーの身体を、謎の異変が蝕み始めていた。
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第97話 .明日なき宇宙船レオナ3号
銀河星雲の謎を解くべく、二人の若者を乗せ宇宙へと打ち上げられた有人ロケット・レオナ３号。その発射に立ち会っていた南部博士が、カッツェにさらわれてしまった。捜索を開始する科学忍者隊であったが、時を同じくして大気圏外のレオナ３号で事故が発生。このままでは地球へ墜落し、甚大な被害が出ると予測された。それを止められるのは南部博士しかおらず、忍者隊は博士の捜索を急ぐのだが……。
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第96話 .ギャラクター本部に突入せよ
マンモスキャニオンで落雷によって何かが爆発。発見されたメカの残骸から、そこにギャラクターの本部があると推測された。狭い渓谷を調査するため、科学忍者隊はカヌーで急流をさかのぼろうと計画。しかし、川へと向かう途上、カヌーを積んだ忍者隊の車が謎の男が乗ったジープに襲われ、谷底へと突き落とされてしまう。なんとか危機を脱し途中の街へと到着した忍者隊は、谷に伝わる死神バッファローの伝説を聞かされる。
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第95話 .合体忍者大魔人
かつて古代忍者がいたと言われるジュピター山の麓で、奇怪な殺人事件が発生した。何者かが人を山に近づけまいとしていると推測した南部博士は、以前ジュピター山を訪れたことがあるジュンを、単身調査に向かわせる。一方、自分の本当の誕生日を知らないことを竜にからかわれた甚平もまた、事実を確かめようとジュピター山へ向かっていた。実は、孤児である甚平が幼い頃にジュンと出会ったのが、このジュピター山であったのだ。
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第94話 .電魔獣アングラー
故郷の父親が倒れ、列車で帰省する竜。その見送りに向かう途中、ジョーは道路に飛び出した少年を車ではねてしまい、病院へと送り届けることに。一方、鉄獣アングラーのテスト運転中であったベルクカッツェは、充電のために発電所を襲う。その影響によって街中が停電となってしまい、竜の乗った列車は停止。そしてジョーが病院に連れて行った少年の手術も、中断せざるを得なくなってしまった。
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第93話 .逆襲！地中魚雷作戦
三日月基地を失い、失意の科学忍者隊は南部博士の別荘に身を寄せていた。超バードミサイルも残り１発だけとなり、どう戦えばいいのかと苦悩する健たち。そんな中、総裁Ｘに忍者隊を確実に仕留めたという証拠を見せろと言われたベルクカッツェは、観光都市を攻撃。報告を聞いた忍者隊は居ても立ってもいられず出動しようとするが、南部博士はそれを禁じ、扉にシャッターを下ろして健たちを監禁してしまう。
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第92話 .三日月基地の最後
仕掛けられた誘導装置によって、魚雷の群れは確実に三日月基地を破壊していく。南部博士はついに基地を破棄し、脱出するように全基地職員に指令。健とジュンに職員の脱出させるよう命じ、自らは重要書類を焼き払おうと部屋に残る。しかし、半壊した基地が傾き、倒れてきた電算装置に足を挟まれ動けなくなってしまった。一方、ゴッドフェニックスで魚雷艦を探していたジョーたちも異変に気付き、基地へと引き返すのだが……。
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第91話 .三日月基地爆破計劃完了
大勢のＩＳＯの技師を乗せた豪華客船が、ギャラクターの誘導魚雷によって沈没した。調査に向かった科学忍者隊は、待ち構えていたギャラクターのカニ型戦車の大群と遭遇。これを撃退したのだが、その混乱に乗じて敵の特殊潜航艇がゴッドフェニックスの船体に張り付いているのに気付かず、三日月基地へ帰還してしまう。ついに敵の侵入を許した三日月基地。その内部に、ミサイル魚雷の誘導装置を取り付けられてしまった。
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第90話 .装甲鉄獣マタンガー
ギャラクター首領の座を狙うドクター・フィンガーが、ベルクカッツェを差し置いて自らが造りだした鉄獣マタンガーを操り、科学忍者隊に挑戦状を叩きつけてきた。ミクロン島の中央にそびえる死火山に陣取ったマタンガーは、忍者隊が自らの命を差し出さない限り、１２時間ごとに島に点在する街を破壊すると宣言。一度は出動した忍者隊であったが、マタンガー攻略の糸口が掴めない健は退却を命じ、ジョーたちはそれに反発する。
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第89話 .三日月基地に罠を張れ
サンゴ礁を改造して偽の三日月基地を造り出し、ギャラクターを誘き出そうと作戦を立てた甚平。子供騙しだと笑う竜であったが、南部博士はこの甚平のアイデアを取り入れ、ギャラクターのメカに特殊な塗料を塗り、基地の場所を突き止めようという計画を立てていた。甚平が評価され面白くない竜であったが、指令を受けて偽三日月基地の監視をすることに。そしてついに、カッツェ率いる戦車軍団が偽基地へと進軍してきた。
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第88話 .鉄獣スネーク828
街中で無差別発砲事件を起こし、刑務所での終身刑を言い渡された謎の男。口が聞けないその男の所持品は、ギャラクターの女隊長の子供の頃からの写真と、学生時代の記録であった。写真に書かれたベルクカッツェという文字から、ギャラクターの女隊長こそがカッツェの正体ではないかと疑いを持つ科学忍者隊。女隊長が通っていたという学校へ調査に向かった健とジュンは、彼女が一年置きに転校していたという不可解な情報を得る。
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第87話 .三段合体鉄獣パトギラー
G-4号機でパトロール中の甚平は、森の古城の上空を通り掛り、一人の少女を発見。ニュースで彼女が誘拐された世界的大富豪の娘マリアであると知った陣平は、古城に潜入して救出に成功。しかし、誘拐犯たちはギャラクターの手の者であり、甚平が科学忍者隊ではないかと疑いを持つ。マリアに手紙で遊園地に呼び出され、意気揚々と向かう甚平であったが、そこにはギャラクターの罠が待ち受けていた。
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第86話 .ギャラクターの買占め作戦
砂糖に代わる人口甘味料シュガーレが、ギャラクターによって全世界で買い占められた。シュガーレがギャラクター本部に送られると推測した南部博士は、ビッグイエロー山の雪が解けると甘い水になるという情報から、科学忍者隊を調査に向かわせる。そこで忍者隊は、墜落したギャラクターの輸送機を発見。その輸送機の発進場所を探し出すため、健たちと別れた甚平と竜は、シュガーレ原産国の王子と偽って目標地点の街に潜入する。
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第85話 .G-4号はあいつだ
科学忍者隊がユートランドに住んでいると分析したギャラクターは、秘密情報機関ＧＣＩＡを送り込む。それを察知した南部博士の指令により、敵の潜入を事前に阻止しようと待ち構えていた健たちであったが、失敗し逃げられてしまった。そんな中、甚平は仕事を探しているという男デーブと出会い、スナック・ジュンの仕事を紹介する。しかし彼は、実は忍者隊の居場所を探すギャラクターのスパイであった。
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第84話 .くもの巣鉄獣スモッグファイバー
南部博士と同期であったがＩＳＯのポストを争って破れ、それ以来行方が分からなくなっていたデーモン博士。彼はギャラクターに取り入り、鉄獣スモッグファイバーを造りだした。スモッグファイバーで輸送機を襲ったデーモン博士は、その情報を教えると南部博士を一人で呼び出す。科学忍者隊は博士の命令に背いて後を付けるが、デーモン博士とカッツェの狙いは、追いかけてきた健たちの素顔を撮影することであった。
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第83話 .炎の決死圏
サラサ砂漠のマントルエネルギー蓄積工場が鉄獣に襲われ、その時に出来た地中の裂け目にボーリングドリルのエネルギー源が落下してしまった。これがマグマ層に接触してしまえば、大地震が発生して付近の街が壊滅し兼ねない。科学忍者隊は地質学の権威カリグ博士と共に、落下を続けるドリルを止めるため、地底探査船に乗り込んで地底を進む。しかし、そこにはギャラクターの鉄獣が待ち構えていた。
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第82話 .三日月サンゴ礁を狙え！
科学忍者隊の基地を探し出すために、変身時に放出される電波を捉える小型装置を開発したギャラクター。更にこれまでの鉄獣を再生産し、世界中で一斉に暴れさせた。ゴッドフェニックスで出撃する科学忍者隊であったが、南部博士はギャラクターの行動が罠ではないかと推測し、帰還命令を出す。しかし、それが仇となりゴッドフェニックスのあとを付けられ、ついに三日月基地をギャラクターに発見されてしまった。
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第81話 .ギャラクター島の決斗
ギャラクターによって支配された南海の小島ビーシー島。子供時代、この島でギャラクター幹部の子として暮らしていたジョーは、変装して両親の墓参りに一人で訪れた。しかし、カッツェに裏切り者であるジュゼッペ・浅倉の忘れ形見ではないかと疑われたジョーに、島中のギャラクターが襲い掛かってきた。そんなジョーを救ったのは、かつての幼馴染であり、今は島で唯一の教会で神父をしているアランだった。
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第80話 .よみがえれ! ブーメラン
アッシャム国で突然百人以上もの人々が錯乱し、暴動を起こした。街中で放し飼いにされている孔雀にギャラクターがメカ孔雀を紛れ込ませ、人々に錯乱光線を浴びせたのだ。調査に向かった科学忍者隊であったが、その夜、人気のなくなった街でメカ孔雀が健と甚平に襲い掛かる。錯乱光線に苦しむ健は身を挺して甚平を逃がすが、自分は鉄獣ピーコックデビルの攻撃を受け昏倒し、ギャラクターに連れ去られてしまった。
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第79話 .奪われたガッチャマン情報
ISO本部の地下コンピュータルームから、科学忍者隊に関する重要データが盗み出された。しかも、犯人は南部博士と並ぶISOの重要人物、ボロンボ博士であった。ギャラクターを装って博士に接触し、データの奪取と動機を調べようとする健。博士の娘が人質に取られているということを聞き出すが、逆襲に転じた博士によって自由を奪われてしまう。その時、カッツェから連絡が入り、博士は健を置いて取り引きに向かってしまった。
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第78話 .死斗！海底１万メートル
マリアン海溝の海底１万メートル地点にあるISOの研究所で、研究技師から連絡が途絶えた。調査のため、健とジョーは二人で小型潜水艇マリンサタン号に乗り込み、深い海へと潜っていく。しかし、二人の潜水艇を猛スピードで追い越し、先回りするかのように研究所へと向かう謎の潜水艦があった。そんな中、ジョーは幼い頃の忌まわしい記憶が戻りつつあり、激しい光に反応して身体の不調を感じるようになっていたのだが……。
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第77話 .成功したベルクカッツェ
ギャラクターへの資金援助を断り、命を狙われるドクアール国大統領。彼の護衛に向かった科学忍者隊は、熱烈な歓迎を見せる飛行場を避け、密かに国内へと潜入する。しかし、官邸で出迎えた大統領を、健は偽者であると見破った。大統領は既に殺されており、屋敷はブラックバード隊が占拠して待ち構えていたのだ。襲い来るブラックバードに対抗する忍者隊であったが、毒ガスの噴出す部屋へと追い詰められてしまう。
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第76話 .あばかれたブレスレット
ジュンの靴の解析結果から、ギャラクターはバードスタイルの変身を解除する兵器・メガザイナーを完成させてしまった。南部博士の呼び出しに変身してG-2号機で向かうジョーに、メガザイナーが襲い掛かる。メカの変身を解除されながらも、なんとか危機を脱したジョーであったが、他の４人はジョーの到着を待たずにギャラクターに破壊された都市へ出動してしまう。しかしそこには、カッツェが罠を張って待ち構えていた。
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第75話 .海魔王ジャンボシャコラ
ギャラクターの戦闘機の編隊が、ISOの施設を襲った。敵機はエネルギー補給のため、海上に現れた鉄獣ジャンボシャコラへ帰還するが、その様子を偶然竜の父親が目撃して、漁船が攻撃されてしまう。パトロール中の科学忍者隊は、次の攻撃目標へと向かう鉄獣に遭遇。しかし、弟の誠二に父親が遭難したと聞いた竜は出動に遅れ、忍者隊はゴッドフェニックスに合体出来ずに施設は破壊されてしまった。
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第74話 .バードスタイルの秘密
超バードミサイルによって氷河の底に沈んだ鉄獣マンモスーンが復活。太陽研究所を攻撃しようと上陸し、その手前の遊園地へと侵入した。ちょうど遊びに来ていたジュンと甚平は、逃げる子供たちを守ろうとするのだが、その際にジュンは靴を片方落としてしまう。退却する鉄獣の足に挟まったまま靴はギャラクターの基地に持ち去られ、発見されて解析され、ついにバードスーツの変身の秘密が明かされてしまう。
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第73話 .カッツェを追撃せよ！
激闘の末に鉄獣を倒した科学忍者隊であったが、メカの爆発の直前にベルクカッツェが逃走。南部博士の命令により、忍者隊はカッツェを捕らえるためにその後を追う。しかし、カッツェが逃げ込んだジャングルには、様々な罠が張り巡らされており、追跡する忍者隊に襲いかかる。しかも、G-4号機でカッツェに迫った甚平をギャラクターの特殊部隊が襲い、甚平が捕らえられてしまった。
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第72話 .大群！ミニ鉄獣の襲来
昆虫学者の戸田は、世界最大のジャングルでトノサマバッタの異常発生と遭遇したが、誰にも信じてもらえないと言う。そこで真相は確かめるために、戸田と共にジャングルへと向かった甚平であったが、バッタの群れに襲われて飛行機が墜落。通信も届かずジャングルに取り残されてしまった二人に、ギャラクターによって操られたバッタの大群が襲い掛かろうとしていた。
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第71話 .不死身の総裁Ｘ
ヒマラヤ山中に雪男が現れるという噂を聞いた甚平は、一人で雪男捜索に出掛けてしまう。麓は同じように噂を聞いて押しかけた観光客だらけであったが、その夜、客たちが泊まるテント群を巨大な雪男が襲った。翌朝、雪の上で目を覚ました甚平の前に現れたのは、ギャラクターの兵士たち。自分のことをギャラクターに憧れる悪童だとごまかした甚平は、基地の雑用係として雇われてしまう。
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第70話 .合体！死神少女
身体中の水分を吸い取られミイラ化するという殺人事件が続発。パトロール中のジョーは、謎のマネキン型ロボットの群れに襲われていた少女を助ける。しかし救助を優先し、連絡を入れなかったことを責める健と意見が対立。基地を飛び出したジョーは、少女の入院する病院を訪れるが、そこで看護士が謎の発光体に襲われミイラ化し、直後に少女が病室から抜け出すのを目撃して後を追う。
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第69話 .月下の墓場
砂漠のショースケン王国にギャラクターが侵入したと情報があり、居所を調査していた王国の兵士たちが全滅。科学忍者隊も調査を開始するが、そんな中、甚平は町のトウモロコシ売りのおばさんに、死んだ息子と間違えられる。母の温もりが恋しい甚平も悪い気がせず、二人は町にいる間親子として暮らすことに。その夜、町外れの古墳が怪しいと睨んだ甚平は、一人おばさんの家を抜け出すが…。
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第68話 .粒子鉄獣ミクロサターン
南の島の小都市を、突如謎の核爆発が襲った。高濃度の放射能が島を取り囲む壁となり、何者も内部に入ることが出来ない。そこで科学忍者隊は科学忍法火の鳥を使うことによって、島内へと潜入に成功。そこは人の姿は無いが、なぜか建物は無傷という状態であった。しかし、忍者隊の目の前で突如建物の壁が崩れ、剥げ落ちた粒子が合体して巨大な鉄獣へと変わっていった。
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第67話 .必殺! ガッチャマンファイヤー
ＩＳＯが進めるマントル計画の重要施設を、次々と破壊していく鉄獣クラゲメカ。出撃した科学忍者隊であったが、忍者隊の手の内を分析した敵の前に破れ、ついにゴッドフェニックスは大破してしまった。次第に強力化するギャラクターの兵器の前に、自分たちの無力を痛感する健たち。そこで南部博士はゴッドフェニックスを再生すると同時に、全てのＧメカに武器の装備を進めていた。
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第66話 .悪魔のファッションショー
モナリンス王国のフレーク王妃はＩＳＯに多額の資金提供をしており、科学忍者隊のファンでもあるという。ギャラクターはその暗殺を企て、警戒した王妃は忍者隊に警護を要請。建国記念日に宮殿で開催されるファッションショーにギャラクターが現れると予測した忍者隊は、街へ潜入し密かに捜査を開始。そんな中、健とジョーは真夜中の宮殿に忍び込もうとする怪しい集団を発見するが、強力な指輪爆弾を使われ逃げられてしまう。
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第65話 .合成鉄獣スーパーベム
世界各国に保管されていた優秀な科学者たちの脳が強奪され、ロボット制作の権威・山科博士の脳を有した研究所も巨大な怪物に襲われた。犯人の後を追った科学忍者隊は、ギャラクターに操られた怪物と遭遇。その細胞から南部博士は、怪物が下等な宇宙人 ベム であると分析。科学展示会に出展される山科博士のロボットＸ１号をギャラクターが狙っていると推測し、忍者隊は会場へと向かう。
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第64話 .死のクリスマスプレゼント
独裁者ソムレー将軍を追放し、平和を勝ち取ったフランベル国。しかし、ギャラクターと手を結んだ将軍が舞い戻り、降伏しなければ市民を皆殺しにすると脅迫してきた。救援要請を受けた科学忍者隊は、平和記念祭に沸く街に潜入し調査を開始。そんな中、甚平はスラム街の悪ガキ５人組・スイムス団と知り合う。子供たちに配られたプレゼントを警官に取り上げられた彼らに、同情する甚平だったが……。
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第63話 .皆殺しのメカ魔球
野球のナイター試合中、一瞬の停電のうちにグラウンドにいた全ての者たちが消えるという事件が発生。野球場に張り込んでいた科学忍者隊の目の前でも、同様の事件が起こってしまう。しかも、ボールボーイとして潜り込んでいた甚平までもが、忽然と姿を消してしまった。深夜の球場の調査を開始した忍者隊であったが、突如グラウンドが割れて、健とジュンが穴に飲み込まれてしまった。
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第62話 .雪魔王ブリザーダー
南部博士は科学忍者隊にそっくりの、身代わりロボットを制作。忍者隊の功績を称えた式典を大々的に開き、ロボットをギャラクターにさらわせて秘密基地の場所を探ろうと計画した。しかし、それを不服とした健は黙って自分のロボットと入れ替わり、自らが祭典に出演。現れた鉄獣マンモス・ブリザーダーに冷凍光線で氷付けにされ、身代わりロボットたちと一緒にさらわれてしまった。
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第61話 .幻のレッド・インパルス
ホントワール国上空を一人Ｇ-１号機で飛んでいた健は、レッドインパルスの戦闘機と遭遇。それには死んだはずの父親、レッドインパルス隊長である鷲尾健太郎が乗っていた。秘密基地に案内され、密かに集めていたというギャラクターの資料を南部博士に届けるようにと渡される健。一方、健を探していた他のメンバーは、鉄獣ジガバチメカの奇襲を受け、健を欠いた状態でバードミサイルも撃てず捕らえられてしまう。
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第60話 .科学忍者隊G-6号
鉄獣スカイスクイラーの兵器実験中、余波を受けてギャラクターの観測機が墜落。事故現場を調査していた健は、気を失って倒れている青年を発見。連れ帰るが、彼は記憶を失っていた。そしてついにギャラクターはスカイスクイラーで街の破壊を開始。その強力な攻撃に対し、科学忍者隊は手も足も出ずに大敗する。そこで南部博士は、敵の攻撃の正体を見たであろう青年の記憶を取り戻そうとする。
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第59話 .怪獣メカ工場の秘密
良質の漁場であるお化け島近海で、巨大なイカやエイが空へ舞い上がるのを漁師が目撃したという。突拍子もない話を馬鹿にするジョーたちを残し、二人で調査に向かう健とジュン。そこに現れたお化けイカたちの正体は、かつて科学忍者隊が破壊したはずの鉄獣であった。兵士に変装して島の秘密基地に潜入した健は、そこがギャラクターの鉄獣開発工場であることを突き止める。
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第58話 .地獄のメカブッタ
鉄獣メカブッタがＩＳＯの研究所を襲い、開発中であった高熱で全てを切り裂くジェットカッターが奪われた。逃走した鉄獣が消えた地点を調査した科学忍者隊は、洞窟で無数の仏像メカに襲われる。死んだ父親のことで苛立つ健は、一人で基地の内部へと進み、電流を受けて気を失ってしまった。その間に、ジェットカッターを搭載したメカブッタが、ＩＳＯのウラン採掘工場へ向けて出撃してしまう。
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第57話 .魔の白い海
北の果ての刑務所から、３５年ぶりに出所した老狙撃手マイク・ミラー。その銃の腕を買ったギャラクターは、科学忍者隊抹殺のためにミラーを雇い入れる。一方、南極上空を通過する衛星基地が次々に破壊されたことから、南極にギャラクターの基地があるか、なんらかの罠が張られていると推測した忍者隊。調査に向かった彼らを、ミラーとギャラクター指令隊長の乗る特殊戦車が待ち構えていた。
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第56話 .うらみのバードミサイル
人気の無い郊外を一人バイクで飛ばしていたジュンは、ギャラクターのブラックバードのバイク部隊に絡まれる。そこに現れたブラックバードの隊長は、ジュンの幼馴染の矢羽コウジであった。ジュンの前から走り去ったコウジは、仲間と共に空軍基地を襲うが、脳裏にジュンの姿が浮かび任務を放棄。一方、科学忍者隊はコウジを調査しようとするが、ジュンはそれを拒否して一人飛び出してしまう。
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第55話 .決死のミニ潜水艦
新開発した汚染物質を海へと流したギャラクター。カッツェは２４時間以内に南部博士と科学忍者隊が降伏しなければ、更に汚染を拡大させると脅迫。カッツェの要求に従ったと見せ掛け指定の海域へ向かった忍者隊は、そこへ現れた潜水艦を攻撃する。しかし実はそれはカッツェの罠であり、無人潜水艦に積み込まれていた汚染物質を、忍者隊は自らの手で海に流出させてしまった。
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第54話 .怒りに燃えたガッチャマン
各国のウラン研究所が次々と襲われ、ＩＳＯではその対策会議が開かれることとなった。健は代表の一人がギャラクターと入れ替わっていることに気付き、会議場に乗り込み逃走したスパイを捕獲。父親を殺されたことによりギャラクターへの憎しみを強くした健は、スパイを拷問して本部の場所を吐かせる。しかし、そんな健の様子に、他のメンバーたちは戸惑いを隠せなかった。
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第53話 .さらばレッド・インパルス
ギャラクターの Ｖ２計画 によって、地球を未曾有の天変地異が襲う。カッツェはヴァン・アレン帯を元に戻して欲しければ降伏しろと、世界各国に降伏を勧告。一方、ギャラクターの秘密工場に潜入していた健とレッドインパルスの隊長は、カッツェを追い詰めるが今一歩で逃げられてしまう。地球崩壊が迫る中、駆けつけた科学忍者隊から、ついに健は隊長が父親であると告げられるのだが……。
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第52話 .レッド・インパルスの秘密
久々に再会した幼馴染のサブから、ホントワール国で父親の姿を見たと聞いた健は、居ても立ってもいられなくなりサブと共にホントワールへ向かってしまう。一方、ギャラクターは地球を取り巻くヴァン・アレン帯を、ミサイルの爆発によって降下させるという Ｖ２計画 を始動。健を欠き、バードミサイルも撃てない状態で出撃した科学忍者隊に、鉄獣キャタローラーが襲い掛かってきた。
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第51話 .回転獣キャタローラー
南部博士に突然休暇を与えられ、世界で最も平和と言われるホントワール共和国へとやってきた科学忍者隊。そこで健は大勢の男たちに襲われていた白いスーツの男を助けて逃がす。しかし、男たちはこの国の秘密警察で、あの逃げた男はギャラクターだったのだという。街の偵察を始めた健に、襲い掛かるギャラクターの戦闘機。そんな彼を救ったのは昨日のスーツの男であり、彼の正体はレッドインパルスの隊長であった。
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第50話 .白骨恐竜トラコドン
インデリア大陸のダム建設予定地に、恐竜トラコドンの動く化石が出現し工事を妨害しているという。調査に向かった科学忍者隊であったが、正体を隠して泊まった宿に、拳銃を持った暴漢が侵入。留守番をしていた竜と甚平が撃退するが、男は何者かに殺されてしまう。それを宿の従業員に見られ、二人は殺人犯に間違われ追われる身に。逃亡の果てに辿り着いた先は、トラコドンが出現するという神殿だった。
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第49話 .恐怖のメカドクガ
南部博士の護衛として、ＩＳＯ本部へとやってきた科学忍者隊。駐車場でギャラクターの自動車を発見した甚平は、トランクに隠れて敵基地への侵入に成功するが、発見され捕まってしまった。一方、カッツェはＩＳＯ本部に爆弾を仕掛けたとして、ウラン鉱のデータを渡せと脅迫。忍者隊はデータを持って引渡し場所へと向かうが、そこには彼らを抹殺しようと鉄獣メカドクガが待ち受けていた。
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第48話 .カメラ鉄獣シャッター・キラー
ＩＳＯのエネルギー工場が、次々に鉄獣シャッター・キラーによって破壊された。空から施設の機密を撮影すると同時に破壊するという、恐るべき能力を持つ敵に挑む科学忍者隊。だが、情報を奪い返すまでは攻撃出来ず、敵の猛攻の前にゴッドフェニックスは損傷を受け不時着。引き上げていく鉄獣の後を甚平が付けると、そこには奪ったＩＳＯの施設情報を利用したエネルギー工場が建設されていた。
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第47話 .悪魔のエアー・ライン
普通のコンピュータの何万倍もの集積、解析能力を持つウルトラコンピュータをＩＳＯが開発。その機能を恐れたギャラクターは、実験のために中枢装置を持って研究所へと向かうアンダーソン長官の襲撃を計画。科学忍者隊はゴッドフェニックスで長官専用機の護衛を行うが、フライトアテンダントに変装したカッツェが機内に潜入しており、専用機をハイジャックしてしまった。
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第46話 .死の谷のガッチャマン
ギャラクターを裏切り、組織の重要機密が収められたトランクを持って逃亡する一人の男。飛行場に辿り着いた男は、健に銃を向けて飛行機を飛ばさせる。操縦しながら健は男の隙を突いて反撃するが、発砲により機体が損傷。男がパラシュートで脱出する直前、機密をＩＳＯに売りつけるつもりだと聞いた健は、不時着したあとその行方を追う。しかし、ギャラクターの追っ手もまた男に迫りつつあった。
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第45話 .夜霧のアシカ忍者隊
霧に包まれた北の孤島・アシカ島で密かに操業していたＩＳＯの秘密採掘場が、ギャラクターに発見されてしまった。採掘していたのが高エネルギーを含む鉱石・カエナインであると知ったギャラクターは、略奪のため島の攻撃を開始。取り残された作業員たちを救おうと島へと向かった科学忍者隊は、敵の猛攻撃の中、彼らを逃がすため島に生息するアシカの群れを利用した脱出計画を立てる。
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第44話 .ギャラクターの挑戦状
総裁Ｘにこれまでの数々の失敗を叱責されたベルクカッツェは、汚名返上のためにギャラクターの科学力を結集し、最強のメカ・アルケオを作製。襲撃予告をして科学忍者隊を誘き出そうとするが、ゴッドフェニックスでは勝てないと分析した南部博士は、忍者隊の出動を禁じる。納得できない健たちは博士の命令を無視して出撃するのだが、アルケオの強力な衝撃波の前に返り討ちに合ってしまう。
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第43話 .悪に消えたロマンス
長きに渡り続いていたビエン国とアメリア国の紛争が終結。引き裂かれていた恋人ロミナとジュリアは互いの国の平和の象徴として結婚し、新婚旅行へ出掛けることになった。だが、戦争の混乱に乗じて両国の地下資源を狙っていたギャラクターは、二人を利用して再び争いを起こそうと計画。その動きを察知した科学忍者隊は護衛を開始するが、旅客機に潜り込んでいた敵に二人をさらわれてしまう。
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第42話 .大脱走トリック作戦
休暇中の竜がヒッチハイクした車は、殺人犯ばかりを収容しているジンジン刑務所へと向かう囚人護送車だった。しかも、その車に乗っていたのは実はギャラクターで、刑務所を乗っ取り囚人たちを仲間に引き入れようと計画していた。巻き込まれた竜は、敵の本部を探るために独断で仲間になる振りをすることに。一方、事件を知った科学忍者隊もまた、これを利用し本部を探るための作戦を開始する。
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第41話 .殺人ミュージック
総裁Ｘが作曲した殺人ミュージックを演奏させるため、カッツェは若者に人気のロックバンド・デーモン５を誘拐。飛行マシン・ソニックメカから録音した曲を流し、その恐るべき音楽によって街を破壊する。一方、デーモン５のファンであったジュンは、演奏の中に異音が含まれていることに気付く。それは、密かにギャラクターの秘密基地の場所を知らせる、デーモン５からのＳＯＳであった。
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第40話 .人食い花ジゴキラー（後編）
ジゴキラーの増殖を抑えるため、ジュンが飲み込まれていると知りつつも群れを焼き払った科学忍者隊。しかし、彼女を見殺しにしてしまったという事実に、仲間たちの結束はバラバラになってしまう。忍者隊としての任務に嫌気が差し、南部博士の呼び出しにも応じない健。しかし、そこにレッドインパルスの隊長が現れ、拳を奮って健にリーダーとしての心得を諭そうとするのだった。
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第39話 .人食い花ジゴキラー（前編）
ギャラクターが世界中にばら撒いた白い胞子が、動き回る巨大植物に成長。雨の日に女性ばかりを襲い始め、一人店にいたジュンにも襲い掛かった。これを撃退したジュンの証言から、南部博士は植物が古代の食肉植物ジゴキラーであると推測。ジュンは博士が開発した、どんな圧力にも耐えうる深海用カプセルを着込んでジゴキラーを捕らえようとするが、不意をつかれ飲み込まれてしまった。
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第38話 .謎のメカニックジャングル
砂漠に建設された、様々な最先端技術を取り入れた無公害都市。その落成式に南部博士が招待され、科学忍者隊もそれに同行。考古学者ムカシスキー博士の恐竜模型などが行進するパレードを観覧した。しかしその夜、何者かが暴れ回り街を破壊。被害者から恐竜が犯人だと聞いた健は、恐竜博覧会の会場に侵入するが、機械の植物に襲われて下水溝に転落。しかもその際、ブレスレットを落としてしまった。
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第37話 .電子怪獣レンジラー
太陽エネルギーの世界的な研究者、三輪博士がギャラクターに拉致された。捕らわれる直前、博士は愛犬のタローを逃がし南部博士に危機を伝える。博士が消息を絶った雪山の湖へと向かった科学忍者隊は、タローを案内役にして敵の基地へと侵入。しかし、それを察知したカッツェによって忍者隊も捕らわれてしまう。そしてついに、三輪博士の技術を搭載した鉄獣レンジラーが完成しようとしていた。
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第36話 .ちびっ子ガッチャマン
海で夜釣りの最中、科学調査船を襲撃する鉄獣を目撃した男の子二人とその父親。遭難して海を漂う親子を救出した科学忍者隊であったが、彼らは目撃したことを隠して話そうとしない。その言動から灯台が怪しいと推測した忍者隊は付近を捜索中、サイボーグ山猫に襲われている兄弟を発見。助けて情報を聞き出そうとするが、二人は灯台への抜け道を教える代わりに、忍者隊に入れろとせがんでくる。
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第35話 .燃えろ砂漠の炎
砂漠の小さな国ドリア王国は、石油の利権を独占しようとする国王と、それに対立し民衆の支持を得るアリ王子との内乱が続いていた。事態を打開するため、王子は科学忍者隊に救援を要請。王国に潜入した忍者隊は王子が率いる反政府ゲリラと接触する。しかし、父である国王と対立する王子に、健は父親と生き別れた自分を重ね、話し合いで解決出来ないのかと諭そうとするのだった。
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第34話 .魔のオーロラ作戦
突如空に現れたオーロラから放射された光線を浴びた人間が錯乱し、それにより各地で大事故が引き起こされた。それは鉄獣サンダーザウルスによる、人間の脳波を動物の物に変えてしまうという攻撃であり、これを浴びた竜は猫の脳波にされてしまう。しかもギャラクターは、この光線で南部博士をも攻撃。猿の脳波にされた博士は、三日月サンゴ礁基地の自爆スイッチを入れようとしてしまう。
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第33話 .ゲゾラ大作戦（後編）
ついに鉄獣ゲゾラがロンパーク市への攻撃を開始するが、南部博士はジュンと甚平を欠く科学忍者隊に待機命令を下す。しかし、街に潜んだ忍者隊を燻り出そうと市民に銃を向けるカッツェに対し、健たちは三人でこれを撃退。だがこれにより、カッツェは捕らえたジュンと甚平が忍者隊ではないかと、益々疑いを深めることになってしまう。そこで健は、カッツェの目を欺く作戦を思いつく。
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第32話 .ゲゾラ大作戦（前編）
ロンパーク市にベルクカッツェからの攻撃予告が入り、鉄獣ゲゾラが警備中の巡洋艦を襲った。駆けつけた科学忍者隊は鉄獣の後を追うが見失ってしまい、敵はそのまま行方をくらます。正体がバレるのを防ぐためにブレスレットを外し、市民に紛れて敵の動向を探ろうとする忍者隊。街を偵察中、暴漢に襲われている女性を助けたジュンと甚平は、お礼にと彼女に屋敷へと招待されるのだが……。
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第31話 .南部博士暗殺計劃
南部博士を乗せたジョーの車が、ギャラクターの女性部隊・デブルスターに襲われた。今後は博士の警護を固めようとする健たちに対し、ジョーは逆に攻撃に出るべきだと主張して対立。憂さを晴らす為に一人サーキットで車を飛ばしていたジョーは、クラッシュして投げ出された女性を救った。一方、海底牧場に赤潮が発生し、南部博士は健と共に大陸横断列車で調査に向かうことになった。
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第30話 .ギロチン鉄獣カミソラール
姿が見えない鉄獣カミソラールが世界各地で暴れ回り、重要施設を次々に火の海に変えていった。出動した科学忍者隊は白い靄のような姿の敵に遭遇するが、ゴッドフェニックスは正体不明の攻撃に手も足も出ず退却。勝利を確信したカッツェの次の破壊予告が届く中、敵の映像を分析した南部博士はその正体と弱点を分析。ＩＳＯの人工降雨計画を利用した、鉄獣の攻略法を思いつく。
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第29話 .魔人ギャラックＸ
甚平は竜と一緒に、かつてジュンと共に育ったしらゆき孤児院を訪れる。キックボクシングを見たいという子供たちを連れて試合会場に行くと、試合は謎の覆面ボクサー・ギャラックＸの勝利に終わった。しかし控え室を覗いた子供たちはギャラックＸの反則を知り、見つかって車で連れ去られてしまう。後を追った甚平は孤児院裏の建物に辿り着くが、そこはギャラクターの基地であった。
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第28話 .見えない悪魔
ギャラクターは姿を不可視化する透明戦車を使って、衆人環視の中で次々に子供たちを誘拐。カッツェは集めた子供たちの脳波から不定形の怪物アルファギラーを作り出し、ＩＳＯビルへと侵入させてマントル計画の秘密書類の内容を入手してしまう。その直後、透明戦車によるマントル計画重要施設の攻撃が始まるが、見えない敵に科学忍者隊は手を出すことが出来ずにいた。
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第27話 .ギャラクターの魔女レーサー
ギャラクターを裏切ったという女から、金と引き換えにギャラクター本部の情報を渡すとＩＳＯに取り引きが持ち掛けられた。事の真相を確かめるため、ジョーはその女、ルシーと共にアフリカ横断の耐久ラリーに出場することに。ギャラクターのメカ動物が次々と襲い来る中、執念とも言える勝利へのこだわりを見せるルシーと共に、ジョーはラリーカーを駆って過酷な自然の中を疾走する。
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第26話 .よみがえれゴッドフェニックス
任務中の竜の居眠りによってゴッドフェニックスに合体出来ず、ＩＳＯの船舶が鉄獣に破壊されてしまった。責任を取って自ら科学忍者隊を辞め、ブレスレットを返して故郷の漁村に戻る竜。だが村では、謎の毒物によって魚が汚染されるという事件が発生していた。忍者隊と南部博士が調査のために村へとやってくるが、竜は自分一人で事件を解決しようと、健の制止を振り切って海底へ向かう。
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第25話 .地獄の帝王マグマ巨人
ＩＳＯの火山研究所が、鉄獣マグマ巨人に破壊された。調査に向かった科学忍者隊は、壊滅した研究所の近くで巨人の足跡を発見。足跡は火山の火口まで続いていたが、溶岩の温度にゴッドフェニックスが耐えられず追跡を断念せざるを得なかった。しかしそこに、溶岩の中からマグマ巨人が出現し襲い掛かってきた。その姿を見たジョーは、巨人の顔が自然公園の岸壁に掘られた像に似ていると思い出す。
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第24話 .闇に笑うネオン巨人
ＩＳＯ本部に勤める科学者たちが、次々に殺害される事件が発生。科学者を影ながら護衛していた健は、ギャラクターの特殊部隊ブラックバード隊に遭遇。取り囲まれるが、なんとかこれを撃退する。その夜、今度はジュンと甚平が護衛する科学者の車が、全身ネオンの様に光り輝く巨人に襲われた。なんとか科学者を逃がした二人だったが、巨人の攻撃によって谷底に突き落とされてしまった。
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第23話 .大暴れメカ・ボール
圧倒的な強さを誇る鉄獣メカ・ボールが暴れ回り、次々と街を破壊していく。その弱点を見出せない南部博士は科学忍者隊の出動を禁じ、健もそれに同意する。納得の行かない他のメンバーは博士の指令を無視して勝手に出撃するのだが、合流した健はリーダーとしてゴッドフェニックスを帰還させた。敵に手も足も出せないことに一人悩む健。しかし、ふとしたことからついに攻略法を思いつく。
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第22話 .火の鳥対火喰い竜
世界最大の海底ウラン採掘場が、鉄獣キングドラゴンの襲撃によってギャラクターに奪われた。ＩＳＯの強力な飛行空母マンモスタイガー三機でさえも太刀打ち出来なかったことから、南部博士は科学忍者隊への出動要請を退ける。だが、健は博士の命令に従わず、決死の覚悟で仲間と共に出撃。しかし、科学忍法火の鳥を越える高熱を吐く鉄獣の攻撃に、ゴッドフェニックスは撃墜されてしまった。
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第21話 .総裁Ｘは誰れだ
名馬グランプリで優勝した馬は、南部博士の先輩であるヘンジンマン博士の造ったサイボーグ馬であった。ヘンジンマン博士を誘拐し、組織のために研究させようとするギャラクター。しかし、博士は対面したギャラクターの謎の支配者・総裁Ｘの正体を見破ったと言い放ち、逆に自分を副総裁にしろと要求する。一方、博士の行方を追っていた科学忍者隊は、サイボーグ馬の群れがダムを破壊する現場に遭遇する。
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第20話 .科学忍者隊危機一発
街で鉄獣モグラタンクが暴れる中、子犬を救おうとするジョー。しかし爆風で飛んできた鉄の破片が頭に直撃し、昏睡状態に陥ってしまった。しかも破片は脳の危険箇所に触れており、手術で取り出すことが出来ない。唯一救う方法と考えられた遠心分離機での除去も失敗に終わってしまった。そんな中、鉄獣が再び街を襲い、ジョーの身を案じつつも科学忍者隊は出撃するのだが……。
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第19話 .地獄のスピード・レース
カーレースと賭博で有名なルーマン王国は、ギャラクターと手を組みその資金源となっていた。現状を憂いた王子のルーカー殿下は、レースに乗じて科学忍者隊と接触し、ギャラクターの情報を渡そうとする。しかし、ルーカーの計画は察知され、情報を収めたマイクロフィルムは敵の手に。追跡してなんとかフィルムを取り返した忍者隊とルーカーだったが、カッツェに基地へと誘い込まれてしまった。
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第18話 .復讐! くじら作戦
巨大鯨が石油コンビナートを破壊したとの情報を受け、海上を調査する科学忍者隊。発見したギャラクターの巨鯨潜水艦は、本物の鯨の群れを蹴散らして逃走。生き残った子鯨をシャチの群れから助けようとする甚平に、健たちは仕方なく手を貸してやる。しかし、その間に各地が攻撃され、南部博士の厳しい叱責を受けることに。発信機を取り付けた子鯨の動きから、氷河地帯に敵基地があると睨んだ博士は再び出動命令を下す。
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第17話 .昆虫大作戦
街でカブト虫を見つけて、家へと持ち帰った甚平と三人の子供たち。しかしその夜、カブト虫は巨大化して鉄獣カブトロンとなり、寝ている甚平たちを内部に収納して街で暴れ始めた。実は人間の子供の暴力的本能に目を付けた総裁Ｘの指示によって造られたカブトロンは、子供の脳波により破壊活動を行う鉄獣だった。しかも子供を人質に取られた形でもあり、化学忍者隊は迂闊に攻撃することも出来なかった。
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第16話 .無敵マシンメカニカ
ＩＳＯの無人工場をギャラクターが乗っ取り、鉄獣メカニカを作り出してしまった。出動した科学忍者隊を退け、追跡を振り切って何処かへ消える鉄獣。バードミサイルも効かないメカニカを倒すためには、敵の基地を探し出して設計図が写されたマイクロフィルムを手に入れなければならない。一方、ギャラクターの基地がトンネルに隠されていると推測した甚平は、一人で捜査を進めていた。
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第15話 .恐怖のクラゲレンズ
１０年前に公害によって滅んでしまった街ゴーストシティで、調査隊が攻撃を受け全滅した。毒ガスの充満する街を調査するため、科学忍者隊はゴッドフェニックスの装甲を対ガスの防御皮膜で覆って発進。街がギャラクターの基地になっていることを突き止め、国連軍の攻撃によって壊滅させた。しかし、ギャラクターは汚染された海の底で、恐ろしい力を秘めた怪生物クラゲレンズを育てていた。
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第14話 .恐怖のアイス・キャンダー
航海中の原子力客船が、ギャラクターの鉄獣アイス・キャンダーに襲われて消息を絶った。他にも空母や潜水艦など、原子力船ばかりが次々に消えているという。偵察機に撮影された海を移動する巨大氷山が怪しいと睨み、氷山の進行方向である北極へと飛ぶ科学忍者隊。そこで氷に覆われたギャラクターの基地を発見し、二人で潜入した健とジュンは、行方不明となっていた原子力客船を発見する。
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第13話 .謎の赤い砂
砂漠の人工湖が突然消え、別の場所に移動するという事件が発生。調査に向かった科学忍者隊は、現地の村の長老から古くから伝わる伝説を聞かされる。かつて燃える赤い砂の恩恵によって栄えた文明があったが、ある日突然砂が動き出し、今度は逆に滅ぼされたのだという。その夜、赤い砂を狙うギャラクターにさらわれてしまう長老。彼が忍者隊に残した首飾りの中には、その赤い砂が隠されていた。
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第12話 .大食い怪獣イブクロン
ギャラクターの鉄獣イブクロンが砂糖の原料を次々と強奪し、全世界が砂糖不足に陥ってしまう。市民の不安を煽り混乱させるのが目的と推測されるが、甘いものが大好きな竜は怒り心頭。南部博士の指令で出動した科学忍者隊は鉄獣を発見し、健、ジョー、竜の三人がその内部に侵入。だが、それに気付いたギャラクターが次々と罠を起動させ、健たちは次第に追い詰められていく。
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第11話 .謎のレッド・インパルス
航空ショーに向かうトリタン国の巨大戦闘機ブルーホーク号。その護衛を命じられた科学忍者隊だったが、ブルーホーク号の搭乗員たちが既にギャラクターとすり替わっていることに気付かずにいた。それを察知した南部博士は特殊部隊レッドインパルスに出動を要請し、三機の赤い戦闘機がブルーホーク号を攻撃。しかし事情を知らない健はレッドインパルスが敵だったと勘違いし、Ｇ-１号機で追跡する。
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第10話 .地底怪獣大戦争
ある夜、突如アリの大群が原子力研究所を襲い、街は大停電に見舞われた。バードミサイルで堤防を破壊して、アリの群れを水で押し流した科学忍者隊は、その正体がギャラクターのアリロボットであったと知る。回収した一体を南部博士が修復して解放し、その後を追って基地を突き止めようとする忍者隊。歩き通しでようやく辿り着いた荒野の先には、巨大な塔のようなアリ塚がそびえ立っていた。
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第9話 .月よりの悪魔
鉄獣サソリロケットを月面に送り込んだギャラクターは、無数の岩を地球に向かって打ち出して攻撃。各地を襲った隕石が全て月の石であると分析され、科学忍者隊はゴッドフェニックスで月へと飛び立った。しかし、忍者隊の接近に気付き、すぐさま鉄獣を地球へと呼び戻すギャラクター。それを阻止しようとする忍者隊であったがあえなく失敗し、地球に戻った鉄獣は街を火の海に変えていく。
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第8話 .三日月のサンゴ礁の秘密
ギャラクターに対抗するため、海底基地の建設を急ぐ南部博士。しかしそれを察知したギャラクターは、完成を妨害するために、鉄獣で基地建設場所を探し出そうとする。一方、街の子供たちに科学忍者隊の中で一番人気が無いと言われた甚平は、手柄を立てて人気者になろうと考え、健たちに黙って出動。一人で鉄獣を倒そうとするのだが、逆に捕らわれた上に基地を発見されてしまう。
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第7話 .ギャラクターの大航空ショー
新型無公害航空機のテストパイロットとして飛び立った健であったが、カッツェンベルヒと名乗る覆面の怪人が乗った複葉機によって撃墜されてしまう。その正体がギャラクターの首領ベルクカッツェであると推理した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスでカッツェンベルヒの後を追う。しかし、強力なムチを装備した複葉機にはバードミサイルも通じない。その機体には、ウイスカーという超金属が使われていたのだ。
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第6話 .ミニ・ロボット大作戦
世界銀行の大金庫に保管されていた金塊が、ギャラクターの小型ロボット・ミクロスによって奪われた。敵の基地があると思われる無人島を探索していた健、ジュン、甚平の三人は、潜んでいたギャラクター兵に捕らわれてしまう。しかしそれは、基地を発見するための科学忍者隊の作戦であった。だが、他に仲間がいるのではと警戒したギャラクターに、海底に待機中であったゴッドフェニックスが発見されてしまった。
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第5話 .地獄の幽霊艦隊
沈没した船が集まる海の墓場と呼ばれる海域で、海洋開発船がギャラクターが操る幽霊戦艦に撃沈された。続いて海洋基地が襲われ、逃走する敵の潜水艦を追跡した科学忍者隊は、海の墓場で幽霊戦艦の大艦隊を発見。戦艦の内部に隠れていた戦闘円盤の大群と交戦になるが、敵の多さについにバードミサイルが尽きてしまった。その時、そこに現れた三機の赤い戦闘機が、次々と敵を撃破していく。
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第4話 .鉄獣メカデゴンに復しゅうだ
ギャラクターは鉄獣メカデゴンを使い、世界各地の地下資源を秘密裏に奪うという作戦を展開。資源の消失と同時に地震が発生するとの情報から、健は地震研究所を訪ねる。しかし、研究所の所長に話を聞いている途中、突如大地震が発生して所長が地割れに飲み込まれてしまった。墓前で彼を救えなかったことを悔やむ健。そこへ突然、健をギャラクターと思い込んで襲い掛かってきたのは、所長の娘ナオミであった。
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第3話 .嵐を呼ぶミイラ巨人
不可解な旅客機墜落事故の調査のために飛行場を訪れた健は、死んだ機長の息子・誠と、その叔父に出会う。誠はいつか父親が戻ってくると信じ、毎日飛行場で待ち続けているのだという。更に調査を進めるため墜落現場を探索していた健は、空を飛ぶミイラのような巨人に襲われた。報告を受けた南部博士は、そのミイラ巨人には強力なエネルギーを放出する、プラトニウムＸが使用されていると分析する。
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第2話 .魔のお化け空母現わる
宇宙から地球に眠る資源を探索、記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、地球へ帰還すると同時に着水地点から姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球上の全てのウラン鉱の奪取を狙う、ギャラクターの犯行であった。南部博士の指令によって出動した科学忍者隊は、ゴッドフェニックスで海底を捜索中、突如発生した謎の大渦に襲われる。
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第1話 .ガッチャマン対タートル・キング
世界各国で謎の巨大メカに貯蔵庫が襲われ、ウランが奪われるという事件が発生。国際科学技術庁（通称ＩＳＯ）の南部博士は、この事件が世界征服を企む悪の組織ギャラクターの仕業であると推測。健、ジョー、ジュン、甚平、竜の五人の少年少女によって密かに結成していた特殊部隊・科学忍者隊を招集した。南部博士から敵の本拠地捜索の指令を受けた忍者隊は、大型戦闘偵察機ゴッドフェニックスに乗り込み出動する。
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