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2053年，突然出现的宇宙生命体侵略了地球，直接导致了地球上人口损失过半，在人类方面军反击作战失败之后，日本方面军在富士基地展开了一项名为「Planzet」的最终作战计划。
机动战士驾驶员明岛大志接到了死守作战基地的命令，只许死守不准失败，在这场作战前夕，大志将自己的妹妹与家人送往安全的火星避难。
事关人类生死存亡的「Planzet」最终打响了，大志面对着多于自己数倍的敌人勇敢的冲了出去，这场人类最后的保卫战就这样打响了……
