『WXIII 機動警察パトレイバー』

レイバーを狙う奇妙な破壊活動が続く東京湾沿岸。

城南署の刑事、久住と秦はその捜査に難航していた。

そんな中、秦は大学講師の冴子に出会う。

秦は冴子との時間を重ねるうち、次第に彼女に惹かれていった。

捜査の途中、久住と秦は湾岸に浮かぶ備蓄基地で次々と人間を食い殺す“怪物”に遭遇する。

この“怪物”こそがレイバー連続襲撃事件の犯人なのか。

残された“怪物”の肉片から判明した事実が、すべての状況を一変させた。

事態は警視庁、防衛庁、特車二課まで巻き込み、やがて秦の知らない冴子の姿が浮かび上がる。

明かされていく驚愕の真実。

暗躍する自衛隊の影。

様々な思惑が交錯する中、再び“怪物”が東京湾に上陸する。

この悲しい戦いに決着をつけるため、イングラムが立ち上がる･･･!