『メガトン級ムサシ シーズン2』

飛行するシェルター『イクシア』は、異星勢力ドラクターへの反撃のため、

伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。

一方、シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。

そこで、アーシェムは苦境に負けず強く生きる人々に出会い、

二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める…。

地球人と異星人、ひとりひとりの想いが交錯し、

新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。

ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。

そして、シェルターイクシアを待ち受ける現実…。

更に巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。