『クレヨンしんちゃん もののけニンジャ珍風伝』

ひろしとみさえのもとに「しんのすけ」が誕生して5年。

嵐のような平和な日々を過ごしていたが、ある日、屁祖隠ちよめと名乗る女性が 野原家を訪れる。

「私、しんのすけくんの本当の母親なんです」傍らには5才の少年、名は珍蔵。

突然のことに戸惑いながらも、追い返す わけにもいかず、2人を泊めることに。

しかし、その夜、突如謎の忍者軍団が襲い掛かる！

ちよめはなんと、忍者の里を抜け出して追われ ているくノ一だった！

そして、その息子として、しんのすけもさらわれてしまう。

忍者の里には地球のエネルギー（ニントル）を閉じ込める「地球のへそ」があり、それを屁祖隠家は代々伝わる「もののけの術」を使っ て純金の栓で塞ぎ、守ってきたという。

もしも栓が抜けたらニントルが漏れ出し、地球は枯れ、時点が止まり、世界の「明日」は失われて しまう！

屁祖隠の名を継ぐ息子”屁祖隠しんのすけ”は、果たして地球の未来、家族の明日を守れるのか！？