『甲鉄城のカバネリ～海門決戦～』

世界中に産業革命の波が押し寄せ、近世から近代に移り変わろうとした頃、突如として不死の怪物が現れた。

鋼鉄の皮膜に覆われた心臓を撃ち抜かれない限り滅びず、それに噛まれた者も一度死んだ後に蘇り人を襲うという。

後にカバネと呼ばれる事になるそれらは爆発的に増殖し、全世界を覆い尽くしていった。

極東の島国である日ノ本（ひのもと）で、カバネの脅威に立ち向かい、前線をくぐり抜けている分厚い装甲に覆われた蒸気機関車（通称、駿城（はやじろ））の一つ甲鉄城（こうてつじょう）で生き残った生駒たちは、カバネと人の攻防戦の地、日本海に面する廃坑駅「海門(うなと)」で玄路、虎落、海門の民と「連合軍」を結成し、カバネ撃退の策を立てていた。

そんな中、生駒は、海門の地のカバネたちは統制され、集団行動をとる特徴を持っていることに気づく。

そのことを連合軍へ報告を行う生駒だったが、相手にされず、逆にカバネリであることから連合軍から虐げられてしまう。

怒りに身を焦がし冷静さを失った生駒は単身で敵地へ乗り込むことを決意する。

一方無名は、これまで自分を支えてくれた生駒に対してこれまでとは違う感情が芽生え始めていた。

しかし、そこへ生駒が単身で敵地に乗り込むつもりであるという知らせが飛び込んでくるーー。

新たなカバネとの戦い、そして、無名と生駒の運命はー!?