『ストラトス・フォー アドヴァンス 完結編』

天体危機管理機構上層部の陰謀が徐々に明らかになり始め、下地島迎撃基地の面々による調査が核心に近づき始めた時、巨大彗星群がついに太陽系に突入した。

しかも太陽を背にして接近しているために観測データに誤差が生じ、明日にも二個の巨大な彗星が同時に地球を襲うという緊急事態が発生する。

衛星軌道上の全オービタルステーションと各国の迎撃基地が総力を挙げて迎撃体制をとりつつある中、静羽はランと共にレイを天体危機管理機構つくば研究所から連れ出すことに成功する。

一方、つくば研究所の治療室に収容された美風は・・・。