『アミテージ・ザ・サード DUAL-MATRIX』

前作「ARMITAGE III POLY-MATRIX」から６年が経つ世界。

人格や感情等、ほぼ人間に限りなく近い「サード」と呼ばれるアンドロイド、アミテージと「人間」のロスの間にヨーコが生まれ、そして火星で、名を変え、人知れず隠遁とした生活を送ってきた。

ある日、反物質ブラントで働くアンドロイド「セカンド」が暴動を起こし、軍がそれを鎮圧するといった事件が起こる。

しかし、騒動の舞台となった反物質ブラントは表の姿で、実態はERU社の上級副社長デミトリオによる、禁止されているはずのサード製作工場であった。

しかし、発覚のおそれから隠蔽の為に軍を使い、証拠隠滅を図っていた。

同じサードから無実の悲痛なテレパスを受けたアミテージは真実を明らかにするため、火星から巨大な罠と陰謀が渦巻く街・シカゴに単身向かうのであった…