主人公切札勝舞は大会終了後に、神月ルナという少女に出会いデュエルをする。
その翌日、勝舞は彼女の兄神月ミカドとデュエルをするが神帝によって敗北し《神羅ドラグ・ムーン》を奪われた。
ミカドは全デュエリストへの復讐を企んでおり、勝舞らは彼の野望を阻止する為に立ち向かう。
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