『蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH』

2148年 迫り来る宇宙からの脅威「フェストゥム」より人類を守り、

奪われた皆城総士を救出し、

人類に味方するフェストゥムのコアを解放する為の作戦「蒼穹作戦」より2年・・・

平和は守られたはずだった。

総士は存在が消滅しながらも、いつか竜宮島へ戻ると一騎と約束した。

少年少女たちは取り戻した平和の中、日々を生きていた。

そんなある日、一隻の艦が竜宮島へ打ち揚げられる。

中には1人の少年が眠っていた。

そして、突如平和は破られる・・・。